MIMIC-III数据库:从申请到应用,轻松上手!
2023-02-02 11:47:06
MIMIC-III数据库:医学研究中的宝库
在医学研究领域,MIMIC-III数据库无疑是一个宝贵的资源。这个庞大的数据库包含了超过40000名住院病人的电子病历数据,为研究人员提供了丰富的宝贵资料。如果你是一个医学研究人员,那么熟练掌握MIMIC-III数据库的使用方法将为你打开一扇研究新大门。
如何申请和下载MIMIC-III数据库?
申请
- 访问PhysioNet网站(https://physionet.org/)
- 点击“Databases”标签
- 在数据库列表中找到“MIMIC-III Clinical Database”
- 点击“Apply for Access”
- 填写申请表,提供你的个人信息和机构信息
- 选择你想要访问的数据集
下载
一旦你的申请获得批准,你将收到一封包含下载链接的电子邮件。点击链接并下载数据压缩包。请注意,数据压缩包非常大,可能需要一段时间才能下载完成。
如何将MIMIC-III数据库导入PostgreSQL?
解压数据压缩包
下载数据压缩包后,使用7-Zip或WinRAR等解压缩软件解压数据。解压后的数据将是一个名为“mimiciii”的文件夹。
导入数据
使用pgAdmin4导入数据:
- 创建一个新的PostgreSQL数据库
- 右键单击该数据库,选择“Import”选项
- 选择“Copy Data from Another Server”选项
- 在“Server”字段中输入localhost
- 在“Port”字段中输入5432
- 在“Database”字段中输入你刚创建的数据库名称
- 在“Username”字段中输入postgres
- 在“Password”字段中输入postgres的密码
- 点击“Next”按钮
- 在“Tables”字段中选择你要导入的数据表
- 点击“Next”按钮
- 在“Options”字段中选择“Create table”选项
- 点击“Next”按钮
- 在“Summary”字段中查看导入数据的详细信息,然后点击“Finish”按钮
如何通过pgAdmin4查看、管理和导出MIMIC-III数据库?
数据导入PostgreSQL后,你可以通过pgAdmin4查看、管理和导出数据。你可以使用pgAdmin4:
- 查看数据表
- 创建视图
- 执行查询
- 导出数据到CSV、JSON或XML等格式
常见的MIMIC-III数据库常见问题解答
Q:谁可以申请使用MIMIC-III数据库?
A:任何在进行医学研究的个人或机构都可以申请使用MIMIC-III数据库。
Q:数据更新的频率是多少?
A:MIMIC-III数据库每半年更新一次。
Q:如何引用MIMIC-III数据库?
A:在你的研究论文中引用MIMIC-III数据库时,请使用以下引用格式:
Johnson, A. E., Pollard, T. J., Shen, L., Lehman, L. W., Feng, M., Ghassemi, M., Moody, B., Szolovits, P., Celi, L. A., & Mark, R. G. (2016). MIMIC-III, a freely accessible critical care database. Scientific Data, 3(1), 160035. https://doi.org/10.1038/sdata.2016.35
Q:是否有其他类似MIMIC-III数据库的资源?
A:是的,还有其他类似MIMIC-III数据库的资源,包括eICU Collaborative Research Database (eICU-CRD)和Multiparameter Intelligent Monitoring in Intensive Care (MIMIC) IV。
Q:在哪里可以获得有关MIMIC-III数据库的更多信息?
A:有关MIMIC-III数据库的更多信息,请访问PhysioNet网站(https://physionet.org/)。