R语言的ggtreeExtra包：绘制交互式进化树的利器

进化树的可视化：使用R语言中的ggtreeExtra包

前言

进化树在生物学中至关重要，它可以帮助我们了解生物之间的进化关系。ggtreeExtra 是R语言中一个强大的包，专为绘制进化树而设计。它提供了广泛的功能，可以让用户创建交互式、美观、可定制的进化树。

ggtreeExtra包的功能

ggtreeExtra包提供了以下主要功能：

• 交互式进化树： 用户可以在浏览器中缩放、平移和导出进化树。
• 高度可定制： 用户可以修改分支的颜色、形状、大小和其它视觉元素。
• 注释： 支持添加标签、比例尺和图例等注释，以提供更多信息。
• 导出选项： 支持多种导出格式，包括PNG、SVG和PDF。

绘制进化树

基本进化树

要绘制一个基本的进化树，可以使用ggtree()函数：

library(ggtree)
library(ggtreeExtra)
tree <- ggtree(newick_string)

使用geom_treemap绘制热图

geom_treemap图层可以帮助用户创建进化树的热图：

tree %>%
  ggtree() +
  geom_treemap(mapping = aes(fill = value))

使用geom_text绘制标签

geom_text图层可以帮助用户在进化树上添加标签：

tree %>%
  ggtree() +
  geom_text(mapping = aes(label = label))

交互式功能

ggtreeExtra包提供了以下交互式功能：

• 缩放： 可以使用鼠标滚轮或快捷键（+/-/Ctrl + 鼠标滚轮）缩放进化树。
• 平移： 单击并拖动鼠标可以平移进化树。
• 导出： 单击绘图右上角的“导出”按钮可以导出进化树。

高级示例

绘制多根进化树

可以使用set_root()函数绘制多根进化树：

tree %>%
  ggtree() +
  geom_tree(root = "root_node_1")

根据数据值设置叶片颜色

可以使用set_colors()函数根据数据值设置叶片颜色：

tree %>%
  ggtree() +
  geom_tree(aes(color = data_value))

结论

ggtreeExtra包为R语言用户提供了绘制进化树的强大工具。它直观的界面、丰富的功能和出色的可定制性使其成为生物信息学研究人员和数据分析师的宝贵资源。通过利用ggtreeExtra的特性，用户可以创建引人注目的、信息丰富的进化树，从而增强他们的研究和沟通成果。

常见问题解答

1. 如何安装ggtreeExtra包？

使用以下命令安装ggtreeExtra包：

install.packages("ggtreeExtra")

2. 如何创建交互式进化树？

使用ggtree()函数创建进化树，并使用ggtreeExtra()函数使其成为交互式：

library(ggtree)
library(ggtreeExtra)
tree <- ggtree(newick_string)
ggtreeExtra(tree)

3. 如何为进化树添加注释？

使用geom_text()函数添加标签，并使用geom_scalebar()函数添加比例尺：

tree %>%
  ggtree() +
  geom_text(mapping = aes(label = label)) +
  geom_scalebar()

4. 如何导出进化树？

单击绘图右上角的“导出”按钮，选择所需的格式（例如PNG、SVG或PDF）。

5. ggtreeExtra与ape包有何不同？

ggtreeExtra和ape包都是用于绘制进化树的R语言包。然而，ggtreeExtra更侧重于交互性和可视化自定义，而ape更侧重于树木操作和统计分析。