Aspera：碾压 prefetch 命令的存在，利用 SRR 号批量高效下载 FASTQ 或 SRA 数据

利用 Aspera 批量高效下载 FASTQ 或 SRA 数据：碾压 prefetch 的存在

作为生物信息学家，我们经常需要处理大量序列数据，例如 FASTQ 或 SRA 格式。这些数据通常存储在公共数据库中，例如 NCBI 的 SRA 数据库。传统上，我们使用 prefetch 命令从 SRA 数据库下载数据。然而，prefetch 命令效率低下，而且一次只能下载少量文件。

Aspera：批量下载的救星

Aspera 是一款强大的文件传输工具，它可以显著提高从 SRA 数据库下载数据的速度和效率。Aspera 使用优化算法，通过并行传输和错误校正机制，即使在网络条件不佳的情况下也能实现高速传输。

安装 Aspera

Aspera 提供了一个免费的社区版，可从其网站下载。安装过程相对简单，只需按照屏幕上的说明操作即可。

使用 Aspera 批量下载数据

1. 打开终端或命令提示符： 在您的计算机上，打开一个终端或命令提示符窗口。

2. 导航到目标目录： 使用 cd 命令导航到您要保存下载文件的目录。

3. 使用 ascp 命令： 使用 ascp 命令下载数据。ascp 命令类似于 scp 命令，但它使用 Aspera 协议进行传输，从而提高了速度和效率。

要批量下载数据，请使用以下语法：

ascp -T -l 32768 -P 33001 user@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/*.fastq .

其中：

• -T 选项指定传输模式。
• -l 选项指定缓冲区大小（以字节为单位）。
• -P 选项指定端口号。
• user@fasp.sra.ebi.ac.uk 是 Aspera 服务器的地址。
• /vol1/fastq/*.fastq 是要下载的文件的路径。
• . 是要保存文件的位置。

示例

以下示例演示如何使用 Aspera 批量下载 10 个 SRR 号对应的 FASTQ 文件：

SRR123456,SRR123457,SRR123458,SRR123459,SRR123460,SRR123461,SRR123462,SRR123463,SRR123464,SRR123465

使用以下命令：

ascp -T -l 32768 -P 33001 user@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR* .

这将下载所有 10 个 FASTQ 文件。

常见问题解答

1. Aspera 是否免费？

是的，Aspera 提供了一个免费的社区版，可以用于学术和非商业用途。

2. Aspera 比 prefetch 快多少？

Aspera 的速度比 prefetch 快几个数量级，具体加速倍数取决于网络条件和文件大小。

3. 我如何知道我的下载是否已完成？

ascp 命令将显示一个进度条，指示下载进度。下载完成后，进度条将显示 100%。

4. 我可以使用 Aspera 下载其他文件类型吗？

是的，Aspera 可以用于下载任何类型的文件，包括文本文件、图像和视频。

5. Aspera 的使用有哪些限制？

免费社区版的 Aspera 在传输文件大小和并发连接数方面有一些限制。对于更大规模的数据下载，可以考虑 Aspera 的商业版本。

结论

Aspera 是一款功能强大的工具，可以极大地提高从 SRA 数据库下载数据的速度和效率。通过利用 Aspera 的并行传输和错误校正技术，我们可以轻松地批量下载大量数据，从而节省时间并提高工作效率。