跟着Nature Communications学作图：R语言circlize包做漂亮的弦图

2023-12-06 02:32:14

利用 Circlize：探索海洋鱼类入侵的弦图可视化艺术

引言

在一个信息爆炸的时代，数据可视化已成为科学交流和数据理解的基石。在绘制复杂数据集方面，弦图凭借其优雅的环形结构和清晰的关系展示，脱颖而出。本文将深入探讨 Circlize 包在创建引人入胜的弦图方面的强大功能，特别关注其在可视化海洋鱼类入侵方面的应用。

什么是 Circlize？

Circlize 是 R 语言中一个专门用于创建环形图的包，包括弦图、旭日图和气泡图。它的直观界面和广泛的功能使研究人员能够轻松定制可视化效果，以满足特定的需求。

创建弦图

弦图是一种环形图，显示节点（通常表示实体或组）之间的连接，连接强度由弦表示。使用 Circlize，创建弦图的过程非常简单：

加载 Circlize 包：

library(circlize)

加载数据：

使用 read.csv() 函数加载数据，其中每行表示一个连接，列表示节点。

创建弦图：

使用 chordDiagram() 函数创建弦图。例如，以下代码将创建一个弦图，其中节点按连接强度排序：

chordDiagram(data, method="sort")

自定义弦图

Circlize 提供了广泛的选项来自定义弦图的外观和行为：

颜色： 使用 color.palette 参数设置弦和节点的颜色。
大小： 通过 size 参数调整弦和节点的大小。
形状： 选择 type 参数来指定节点的形状（例如，圆圈、矩形）。
交互性： 使用 annotations 参数添加交互性功能，例如悬停以显示附加信息。

示例：可视化海洋鱼类入侵

在 Nature Communications 最近发表的一篇论文中，研究人员使用了 Circlize 包来创建交互式的弦图，以可视化海洋鱼类在不同纬度上的入侵情况。弦图清晰地显示了入侵的纬度梯度，突出了特定物种的入侵模式。

以下是使用 Circlize 创建类似弦图的步骤：

# 加载 Circlize 包
library(circlize)

# 加载数据
data <- read.csv("data.csv")

# 创建弦图，按入侵强度排序
chordDiagram(data, method="sort")

# 自定义弦图
chordDiagram(data, method="sort", 
            color.palette="RdBu",
            fontsize=12,
            background.color="white",
            annotations=TRUE)